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’Église de Scientologie a fait appel aux Nations Unies en mars 2001pour solliciter son intervention dans la « campagne d’intimidation et de harcèlement » que les autorités belges lui font subir, prenant pour cibles ses paroissiens belges et son bureau européen des Droits de l’Homme. L’Église a accusé le gouvernement belge de conduire une « enquête » politique pour empêcher les scientologues de pratiquer leur religion en Belgique.
Parmi les preuves, l’Église cite la confiscation par le gouvernement de milliers de matériaux confidentiels couverts par le secret de la confession et indispensables pour que l’Eglise soit en mesure d’exercer son ministère. Bien que les paroissiens et l’Église aient demandé la restitution de ces matériaux, le juge d’instruction bruxellois, Jean-Claude Van Espen, a refusé de les rendre.
L’avocat international des Droits de l’Homme, William C. Walsh, basé à Washington, a adressé une plainte de 16 pages au haut commissaire pour les Droits de l’Homme et au rapporteur spécial pour la liberté de religion et de croyance des Nations Unies. Il a indiqué dans sa plainte que « Les actions de la Belgique pour contrecarrer les droits de milliers de scientologues de pratiquer leur foi enfreint les principes fondamentaux des Nations Unies. »
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William C.Walsh suggère aussi que le bureau européen des Droits de l’Homme de l’Église à Bruxelles a été ciblé en représailles pour ses critiques cinglantes des abus des Droits de l’Homme en France et en Belgique. (Voir aussi La politique de l’intolérance.)
À plusieurs reprises, le Département d’Etat des États-Unis et les organisations internationales de Droits de l’Homme ont critiqué les violations des Droits de l’Homme faites par les gouvernements belge et français. Un communiqué de presse du bureau de Washington de l’Organisation pour la Sécurité et la Coopération en Europe a accusé le gouvernement belge d’adopter des « règlements anti-religieux. »

